Moja stáž na Harvarde

Autor: Mária Džunková | 17.7.2014 o 21:06 | (upravené 18.7.2014 o 15:52) Karma článku: 12,33 | Prečítané:  10480x

O pár dní sa končí moja trojmesačná stáž na Harvarde. Nechám vás trochu nazrieť do vedeckej kuchyne tejto slávnej univerzity.

Dostať sa na stáž na Harvard (alebo akúkoľvek inú prestížnu univerzitu) nie je až taká výnimočná vec. Vedecký výskum na Harvarde je postavený hlavne na pracovnej sile a nápadoch študentov a postdokov z celého sveta. Je to super-multi-kulti prostredie. Vedúci výskumných skupín už dávno pochopili, že kľúčom k úspechu je zmiešať ľudí, ktorí študovali na rôznych univerzitách. Viac názorov, viac diskusie, a teda viac vylepšení a lepšie výsledky.

Okrem toho stážista zvyčajne prichádza na Harvard s vlastným štipendiom zo svojej domácej krajiny, takže pre vedúceho nepredstavuje žiadnu finančnú zaťaž. Ak sa chcete v jeho skupine niečo nové naučiť, bude rád, že bude mať pracovnú silu zdarma. Ak chcete prísť preto, aby vám pomohol s vaším vlastným projektom, tak sa tiež poteší, pretože za minimálnu námahu bude mať spoluautorstvo na ďalšom vedeckom článku. Jediným dôvodom odmietnutia by mohlo byť až príliš preplnené laboratórium. Alebo nekompatibilita výskumných cieľov - ako genomičku by ma pravdepodobne neprijali na pokusy s baktérami u myší, pretože naučiť ma od nuly prácu so zvieratami by ich stálo veľa námahy. Samozrejme, možno nejakú rolu hrá aj životopis a predchádzajúce vedecké publikácie, ale samotný fakt, že na Harvard prichádzate s vlastným štipendiom vlastne znamená, že ste na jeho získanie už nejakým výberovým konaním prešli.

Každý výskumník na Harvarde má predpísanú minimálnu sumu peňazí, ktorú si musí so sebou priniesť, aby vôbec prežil. Inak vám nedajú víza. Občas sa niekomu podarí získať pracovnú pozíciu platenú priamo z Harvardu. Ale sú tu aj ľudia, ktorí žijú na Harvarde z vlastných úspor! Sú to hlavne bohatí Číňania. Je to pre nich vec prestíže. V Číne je toľko ľudí, že jediná možnosť ako prekonať konkurenciu a získať v Číne dobrú pracovnú pozíciu je ísť na nejakú prestížnu univerzitu. Hoci aj zadarmo. Naopak, vedci v Európe majú úžasné cestovateľské možnosti. V mojom prípade to dopadlo tak, že Slovenska žijúca v Španielsku dostala štipendium od nemeckej farmaceutickej firmy, aby išla robiť výskum do USA.

Podľa vedeckých publikácií skupiny, do ktorej som šla, som si predstavovala nejaké scifi high-tech laboratórium. Bol to v skutočnosti zanedbaný labák s vrstvou prachu na stoloch a so skoro stredovekými prístrojmi. Po pár dňoch som ale zistila, že zhrdzavená centrifúga funguje tak isto dobre ako naša nová centrifúga s digitálnym displejom. A ostala som skoro v šoku, keď som započula, ako sa kolegovia bavia o článku, ktorý im práve prijali na posúdenie v Nature (jeden z najlepších vedeckýh časopisov). Wow! Zahanbila som sa. Došlo mi, že centrifúga s digitálnym displejom vám nezabezpečí lepšie vedecké výsledky. Dôležitý je nápad, vedomosti a diskusia.  

Môj cieľ bol vyseparovať spomedzi miliónov baktérií vo výkaloch všetky bunky, ktoré patria jednému patogénnemu druhu, ktorý sme si vybrali. Mala by som takto dostať všetky kmene tejto baktérie. Osekvenovala by som celé genómy všetkých vyseparovaných kmeňov. Tak by diagnostika nebola skreslená klasickými kultivačnými technikami, kde môže jeden kmeň rásť lepšie než ten druhý a tretí možno nevyrastie vôbec. Klasickými kultivačnými metódami alebo použítím PCR či ELISA nedostávame všetky informácie o kmeni, ktorý danú chorobu spôsobuje.

Očakávala som, že na Harvarde bude akási "lepšia aura", pretože tam všetci publikujú lepšie články. Že výsledky, ktoré nie som schopná dosiahnuť vo Valencii, budem na Harvarde sypať z rukáva. Po pár týždňoch mi ale došla ďalšia skutočnosť: na Harvarde platia tie isté fyzikálne a biologické zákony ako všade inde. Moja patogénna baktéria sa vo výkaloch nachádza v strašne malom počte, aj napriek tomu, že spôsobuje infekciu. To mi potvrdili aj kolegovia z Harvardu. A akákoľvek separačná metóda so sebou vždy prináša nejakú kontamináciu inými baktériami, ktoré osekovenovať nesmiem. Teda môj projekt je rovnako neriešiteľný vo Valencii ako aj v Bostone. Záver je, že výsledky závisia jedine na dizajne celého projektu a na tom, ako sa sama popasujem s problémami.

Ako sa s tým človek popasuje sám... K nám do Valencii prichádza tiež veľa krátkodobých stážistov, ale každý, kto k nám prijde, je v stredobode pozornosti celej našej skupiny. Na Harvade je však stážista sám tvorcom svojho šťastia, nikto sa o vás veľmi nestará. Ak sa po prvom nevydarenom pokuse rozhodnete až do konca pobytu len sedieť smutne pri PC, nikto sa na vás hnevať nebude. Ak vás však napadne milión riešení vášho problému, dostate možnosť ich zrealizovať. Na Harvarde je veľa možností a určite nájdete niekoho, kto má skúsenosti s tým, čo potrebujete.

Ak vám vaši kolegovia náhodou nechcú poradiť (aby ste náhodou neboli nakoniec lepší ako oni), stále sú tu odborníci v špecializovaných laboratóriách (takzvané core facilities). Keď som vstúpila do prvého špecializovaného laboratória, hneď som si uvedomila, že naozaj nie je potrebné mať v základnom labáku tie najmodernejšie prístroje. Všetky moderné a úžasné veci sa nachádzajú v core facilities. Tam pracujú technici, ktorí sa venujú mnoho rokov len jednej jedinej technike, napríklad konfokálnej mikroskopii, mikrodisekcii alebo prietokovej cytometrii. Špecializované laboratórium na prietokovú cytometriu mi pripomínalo internetovú kaviareň, kde je namiesto 20tich počítačov 20 cytometrov. Pri každom sa denne vystrieda niekoľko vedcov, každý príde so svojimi vzorkami, zanalyzuje ich, uprace po sebe, lebo hneď ho vystrieda ďalší užívateľ. Za používanie prístrojov platíte za každú minútu, platíte dokonca aj za hocijakú konzultáciu, ale tak to už chodí v USA. Je tu proste iný systém. Ale zdá sa mi lepší. Ak vedúci skupiny potrebuje na svoj nový projekt používať nejaký prístroj, nemusí kúpu nového prístroja zahrnúť vo svojom rozpočte. Stačí, keď odhadne, koľko hodín bude potrebovať na jeho používanie a nakoniec len zaplatí poplatok. Má to ešte jednu veľkú výhodu: v core facility s tým prístrojom už pracovať vedia, takže vedec nemusí strácať čas zisťovaním, ako sa s daným prístrojom pracuje. Tak môže byť v práci oveľa efektívnejší.

Fascinovala ma aj organizácia, akým spôsobom som dostávala fekálne vzorky. Ráno ich diagnostikovali a o 16:00 som ich už mala vo svojom laboratóriu a mohla s nimi pracovať. Za pár dní som nazbierala obrovské množstvo vzoriek s detailným popisom diagnózy. Také niečo by mi v Španielsku trvalo mesiace. My biotechnológovia sa bohužiaľ v biomedicínskom výskume stretávame často s neochotou doktorov spolupracovať. Nie sme naladení na rovnakej vlnovej dĺžke a spolupráca buď skončí predčasne, alebo ani poriadne nikdy nezačne. Tu na Harvarde však tieto dve rozdielne skupiny žijú v vzájomnom pochopení a vedia, že jeden bez druhého nemôžu dosiahnuť dobré výsledky. Tak som získala krásnu kolekcie fekálnych vzoriek a pustila sa do náhradného projektu, ktorý mi určite vyjde lepšie než ten prvý.

Harvard tvorí niekoľko inštitúcií, majú rôzne rozpočty. Jeden z najdôležitejších ústavov pre genomiku je Broad Institute. Aj keď som nebola na stáži práve tam, mala som možnosť byť v kontakte aj s nimi. Jedna vedkyňa tam prednášala o tom, ako objavili doposiaľ neznámu patogénnu baktériu v tráviacom trakte. Urobili naozaj strašne masívne sekvenovanie, vymazali všetky kontaminujúce sekvencie patriace človeku a známym bakériám a pracovali len s malinkým percentom sekvencií, ktoré nemali žiadnu zhodu s databázou genómov doposiaľ známych organizmov. Tieto neznáme sekvencie sa náhodou šťastne podarilo zložiť do genómu novej nepoznanej baktérie. Tak presne toto chcem robiť ja! Keby som mala rozpočet ako Broad Institute, mohla by som projekt o svojom patogénovi vyriešiť ľavou zadnou. Oni však robia veľmi nákladný výskum, ktorý sa nedá aplikovať do menšieho laboratória ani do lekárskej praxe. Ja sa na získanie podobných výsledkov musím snažiť oveľa viac, pretože si nemôžeme dovoliť vyhadzovať peniaze na sekvenovanie ľudskej kontaminácie a skúšať, či sa náhodou v neznámych sekvenciách neobajví nová baktéria. Ja musím vymyslieť spôsob, ako zredukovať túto kontamináciu, aby sekvenovanie bolo čo najefektívnejšie a mohli to zopakovať aj iní ľudia. Dostala som od nich ale veľké uznanie, že viem robiť zaujímavé genomické štúdie bez obrieho rozpočtu.

Som nakoniec rada, že som bola na stáži v menšej skupine, kde ale robia výskum na úrovni a sú rozpočtom porovnateľní s nami vo Valencii. Získala som pár postrehov, ktoré budem môcť aplikovať v budúcnosti. Dostala som milión nápadov na výskumné projekty na mnoho nasledujúcich rokov. A našla som si vynikajúcich partnerov, pred ktorými sa nemusím cítiť menejcenná, ako by som sa určite cítila po stáži v nejakom gigantickom laboratóriu s miliardami na konte. Záver z toho je, že Harvard je veľký a rôznorodý a každý si tam nájde to, čo potrebuje. Možnosti sú nekonečné.

Páčil sa Vám tento článok? Pridajte si blogera medzi obľúbených a my Vám pošleme email keď napíše ďalší článok
Pridaj k obľúbeným

Hlavné správy

KOMENTÁRE

Van der Bellen nevyhral, to len populizmus porazil sám seba

Miloš Zeman sa tešil predčasne. Ukazuje sa, že víťazstvá radikálov či populistov nie sú ani v dnešnej dobe samozrejmosťou.

KOMENTÁRE

Renzi dal sám sebe mat. Dostala ho aj Európa?

Taliansky výsledok je politicky nepomerne ďalekonosnejší než rakúsky.

SVET

Taliansky premiér Renzi po prehre v referende podá demisiu

Hlasovanie zaznamenalo vysokú účasť.


Už ste čítali?