Stretnutie s prvými doktorandami

Autor: Mária Džunková | 7.2.2016 o 18:17 | Karma článku: 7,27 | Prečítané:  865x

Minulú sobotu oslavoval nás veľký šéf šesťdesiate narodeniny. Jeho manželka pripravila preňho prekvapenie: v reštaurácii čakal len najbližšiu rodinu, no prišlo viac než 70 ľudí - jeho bývalí a súčasní spolupracovníci. 

Zasadací poriadok ma trochu prekvapil, že vedľa mňa budú sedieť nejakí cudzí ľudia. Pozdravím ich, zdajú sa byť sympatickí päťdesiatnici, tak si hovorím, že to budú určite nejakí spolupracovníci nášho šéfa. Tak, aby som prelomila ľady, opýtam sa, odkiaľ šéfa poznajú.

"My sme jeho prví doktorandi”, povedali. A my, jeho najčerstvejší doktorandi, sme skoro odpadli od prekvapenia.

A potom sme len s otvorenými ústami počúvali historky o tom, že ich dizertačná práca pozostávala z 30 DNA sekvencii, ktoré museli čítať z akrylamidových gélov. Smiali sa pri spomienkach na to, ako museli vykrúcať hlavy, aby vedeli prečítať sekvencie na konci gélu, ktoré sa tak trochu vytočili do kriva a pripomínali úsmev. A historky o tom, ako sa im tie gély trhali a ničili, že niekoľkomesačná práca vyšla navnivoč. A online databáza všetkých sekvencií, dnešná NCBI, ich obsahovala v tej dobe len niekoľko tisíc. To boli vlastne veľmi radi, že už môžu používať internet. Ak chceli porovnať svoju sekvenciu s databázou, museli poslať akýsi email v špeciálnom formáte a za niekoľko dní dostali odpoveď, ktorému dovtedy osekvenovanému organizmu alebo génu sa ich sekvencia najviac podobá. To boli všetko úsmevné situácie, ktoré sme my, z tej najnovšej generácie, nikdy nezažili.

Aby ste si vedeli predstaviť, ako sa v osemdesiatych rokoch pracovalo so sekvenciami DNA, nakreslila som tu schématicky, ako sa tie prúžky na géle vtedy odčítavali. V každom riadku sa objavil len jeden prúžok a výskumník sa musel strašne sústrediť, aby nepreskočil riadky. Odčítavalo sa smerom, ako je to naznačené červenou čiarou. Výsledné písmenko z každého riadku som zapísala napravo. A v spodnej časti tohoto gélu môžete vidieť, ako sa prúžky tak trochu vykrútili, akoby sa tam chcel zjaviť nejaký “úsmev”, takže máme pochybnosti, či posledné T je naozaj T, lebo by to mohlo byť aj A. Je to sekvencia 18 písmen, ktorá by vyskumníka stála niekoľko mesiacov práce. Výskumník by ju potom asi “blastoval” odoslaním emailu správcom databázy sekvencií.

Blastovanie je vlastne sloveso, ktorým by som chcela zachytiť použitie algorytmu “Basic local alignment search tool”, ktorý sa publikoval v roku 1990 a má teraz viac než 58000 citácii. V skutočnosti sa BLAST používa určite viac, ale vedci už ani nepovažujú za potrebné citovať originálny članok o BLASTe, pretože BLAST už tak zdomácnel, že už všetci vedia, o čo ide. V súčasnosti obsahuje databáza NCBI skoro 57 993 úplných alebo čiastočných genómov rôznych organizmov. Okrem toho táto databáza obsahuje aj niekoľko miliónov jednotlivých génov, ktoré nie sú registrované ako genómové projekty. Ako príklad by som mohla uviesť tisícky záznamov sekvenciií s rôznymi mutáciami v nejakom špecifickom géne človeka alebo rôzne varianty génu 16S rDNA, ktorý slúži sa identifikáciu druhu baktérií. Pritom mnohé sekvencie sa môžu vlastne opakovať, lebo sa osekvenovali na rôznych miestach Zeme. Proste je tam veľmi-preveľmi veľa sekvencií, ale identifikovať tú našu dokážeme za pár milisekúnd. Tak isto, ako aj vyprodukovať naše sekvencie nám netrvá mesiace, ale pár dní. A naraz vyprodukujeme nie jednu, ale niekoľko miliónov sekvencií.

Potom sme z týchto prvých doktorandov vytiahli, či sa dnes ešte stále venujú vede a kde vlastne teraz pracujú. Najstarší doktorand povedal, že jeho prvý pracovný pohovor bol do nejakého múzea, kde ho neprijali, lebo si mysleli, že celá jeho dizertačná práca bola hlúposť, že DNA sekvencie sú nejaké vymyslené čarodejnícke veci. V osemdesiatych rokoch programoval na kolene prvé programy na porovnávanie sekvencií, potom pracoval na rôznych miestach všade po svete a dnes je z neho šéf bioinformatiky na jednom z výskumných centier vo Valencii. Ďalší sa nám pochválil, že pracuje na sekvenovaní genómov rôznych kmeňov kvasiniek a začal nám vysvetľovať, ako sa geneticky odlišujú kvasinky na vyrobu pív typov Ale a Lager a vyznal sa aj do kvasiniek, ktoré kvasia mexický tradičný nápoj z agáve Pulque či produkujú nejaké pralesné nápoje z manioku. Proste chutná valencijská paella a k tomu veľmi zaujímavá prednáška.

Stretnutie s prvými doktorandami nášho šéfa bolo teda veľmi zaujímavé a hlavne inšpiratívne. Títo ľudia nezostali na úrovni 80-tych rokov s tým, že “ja už mám doktorát, ja už viem všetko”. Každý deň sa museli učiť niečo nové a neexistovala pre nich výhovorka, že to je príliš ťažké, alebo že to je príliš moderné, že to už je len pre mladších. Mali veľa síl a chuti prebojovať sa od odčítania písmenok z gélu k najmodernejším sekvenátorom. A tu sme našli spoločnú reč sa bavili sa už všetci na úsmevných príhodách s novodobými sekvenátormi.

Možno by sa na prvý pohľad zdalo, že oni to mali v osemdesiatych rokoch ťažké, že sa museli s jednou sekvenciou trápiť niekoľko mesiacov, a že my, tí najnovší, sme rozmaznané deti, ktoré majú všetko za pár hodín hotové. Oni sami ale uznali, že námaha potrebná na dosiahnutie výsledku, ktorý je kompetitívny, je teraz taká istá ako bola v osemdesiatych rokoch. Vtedy čas v laboratóriu plynul pomaly, ale teraz plynie veľmi rýchlo a musíme sa prispôsobovať novým technológiám ako na bežiacom páse. Úlohy, ktoré máme plniť teraz, sú pre nás takou veľkou výzvou, ako bolo pre nich odčítavanie gélu v 80-tych rokoch. Nové algorytmy a technológie vznikajú tak rýchlo, že sa neustále musíme učiť niečo nové a tiež sami vymýšľať rôzne zlepšováky týchto technológii za pochodu. A všetko to ide tak rýchlo, že keď už máme konečne niečo vyskúmame, tak sa dozvieme, že niekto na druhej strane planéty to urobil už s nejakou oveľa lepšou technológiou. Presný príklad je môj článok v PloS One z roku 2014, ktorý má len jednu autocitáciu a myslím si, že ho už ani nikto nikdy citovať nebude, lebo tým, že som spomenula v názve článku sekvenačnú technológiu 454 Roche, ktorá sa prestane vyrábať v lete 2016, som si odpudila čitateľov, ktorí sa k jadru článku, ktorý má univerzálny význam, už vlastne ani vôbec nedostanú.

To všetko vedie len k jedinému záveru, že nie je dobré viazať svoj biologický výskum na jednu jedinú technológiu, lebo tá môže veľmi rýchlo zostárnuť, a to tak rýchlo, že sa ani nestihneme spamätať a s našou vedeckou kariérou bude koniec. Dôležité je mať nápady a vedomosti, aby sme vedeli rozlúštiť biologické zákony a javy takým spôsobom, ktorý bude nezávislý na nejakej konkrétnej technológii. Títo prví doktoradndi sú toho prikladom. Chcú vedieť všetko o kvasinkách a je jedno, či to dosiahnu odčítavaním z gélov alebo na najmodernejších mašinkách, lebo myšlienka rozlúštenia biologických javov zostáva stále tá istá.

Ja sa budem snažiť, že keď budem mať 50 rokov, aby som bola ako tí prví šéfoví doktorandi. Aby som mala dosť mentálnych síl učiť sa nové veci, lebo zakrnúť v jednom bode kdesi v minulosti a chváliť sa, že ja som kedysi robila to a to, proste vo vede nemá budúcnosť.

 

 

 

 

 

 

 

Páčil sa Vám tento článok? Pridajte si blogera medzi obľúbených a my Vám pošleme email keď napíše ďalší článok
Pridaj k obľúbeným

Hlavné správy

KOMENTÁRE

Van der Bellen nevyhral, to len populizmus porazil sám seba

Miloš Zeman sa tešil predčasne. Ukazuje sa, že víťazstvá radikálov či populistov nie sú ani v dnešnej dobe samozrejmosťou.

KOMENTÁRE

Renzi dal sám sebe mat. Dostala ho aj Európa?

Taliansky výsledok je politicky nepomerne ďalekonosnejší než rakúsky.

SVET

Taliansky premiér Renzi po prehre v referende podá demisiu

Hlasovanie zaznamenalo vysokú účasť.


Už ste čítali?