Mária Džunková
Na čo sa dá použiť najmenší DNA sekvenátor na svete?
Už prešlo niekoľko mesiacov, odkedy som napísala môj posledný blog. Bol o našom najmenšom sekvenátore na svete.
Som mikrobiálna genetička. Pracovala som v Česku, v USA, v Španielsku, v Austrálii. Mojou aktuálnou zastávkou je Kalifornia. Na tomto blogu sa snažím prerozprávať moje vlastné vedecké články spôsobom jasným aj pre nevedeckú verejnosť Zoznam autorových rubrík: Veda, O mojom dedovi
Už prešlo niekoľko mesiacov, odkedy som napísala môj posledný blog. Bol o našom najmenšom sekvenátore na svete.
Pred pár týždňami sme začali testovať najmoderneší DNA sekvenátor, ktorý je tak maličký, že sa zmestí do dlane. Stojí len 1000 eur.
V posledných týždňoch sa u našich českých susedov rozpútala nezmyselná diskusia o očkovaní. Neodborná verejnosť sa bavila o niečom tak cennom, ako je celospoločenské zdravie. Obľúbeným argumentom milovníkov konšpiračných teórií je, že očkovanie spôsobuje autizmus. Je to však už mnohokrát vyvrátený nezmysel. V tomto blogu sa dozviete, ako tento mýtus vznikol, prečo štúdie, ktoré ho vyvracajú, nie sú platené farmaceutickými firmami a prečo sa dá očkovanie označiť ako Bio.
Na internete existuje veľa recenzií mobilov či notebookov. Môj blog je o sekvenovaní DNA, tak tu spomeniem výhody a nevýhody nášho najnovšieho DNA sekvenátora, ktorý sme kúpili pred štyrmi mesiacmi. Aj keď sa vám to asi bude zdať ako vzialená téma, aj pri DNA sekvenátoroch platí, že čo je najnovšie, nemusí byť na všetko aj najlepšie.
Milujem argentínsky “čajíček” mate, pijem ho namiesto kávy. Moja kolegyňa z Argentíny (tiež stále pije mate) mi pred pár dňami povedala milú novinku, že jej bývalí argentínski kolegovia osekvenovali genóm stromčeka mate, teda presnejšie jeho transkriptóm, čo znamená, že sa zamerali len na gény, ktoré tento stromček v momente zberu práve používal. Títo kolegovia však nemajú v laboratóriu žiaden DNA sekvenátor. Napriek tomu v časopise PlosOne publikovali zaujímavý článok. Ako je to možné?
Pred pár dňami nám vyšiel článok v Revista Española de Salud Pública. Je to len taký prehľad literatúry, ktorý nemá skoro žiaden význam pre našu kariéru, ale rozoberá celkom zaujímavú tému. Pochádza každý prípad tuberkulózy v Španielsku od imigrantov?
Prietokový cytometer nám umožňuje vidieť, ktoré baktérie z kultivačného média boli v danom momente aktívne a ktoré práve zomierali. To je detail, ktorý sa pri sledovaní rastovej krivky pomocou absorbancie nedá vidieť. V našom článku, ktorý nedávno vyšiel v Journal of Medical Microbiology sme porovnávali rast Clostridium difficile a Bifidobacterium longum subsp. longum na médiu s rastlinným alkaloidom 8-hydroxyquinoline (8HQ) a bez neho.
Teresa Romero, sestrička, ktorá sa nakazila pri ošetrovaní španielskeho misionára, ktorého previezli z Afriky s ebolu, sa vyliečila. Najprv ju média označovali sa neschopnú babráčku, teraz sa však všetko rýchlo zmenilo a majú ju za hrdinku. Jej manžel bude žalovať kompetentných za urážku na cti a neschopnosť zvládnuť celú situáciu.
Tento týždeň nám v časopise Journal of Medical Microbiology vyšiel článok o tom, ako sme sledovali rast dvoch druhov baktérii pod vplyvom rastlinného alkaloidu 8HQ. Je to produkt výbornej spolupráce so stážistkami z mojej bývalej univerzity v Prahe. Aby ste vedeli, do Valencie sa nechodí len vyvaľovať sa pri mori, ale aj tvrdo makať.
V Madride máme prvý prípad eboly. Od Madridu ma delí len 1,5 hodiny vlakom a mám blog o mikroorganizmoch, takže hodilo by sa napísať blog aj o ebole.
Máme citáciu v prestížnom časopise Cell. Jedna vedecká skupina v USA aplikovala našu metódu na vzorky výkalov pacientov, ktorí trpia zložitou chorobou inflammatory bowel disease.
Okrem miliónov baktérií máme v našom tráviacom trakte aj milióny vírusov. Výskum týchto malinkých šibalov je ale oveľa zložitejší. V tomto blogu vám vysvetlím, ako sa dajú objaviť.
O pár dní sa končí moja trojmesačná stáž na Harvarde. Nechám vás trochu nazrieť do vedeckej kuchyne tejto slávnej univerzity.
V našom laboratóriu vo Valencii analyzujeme DNA múmie babätka, ktorá ma zdokumentovanú históriu od roku 1437. Je to relikvia, ktorá je považovaná za jedno z neviniatok, ktoré nechal zabiť Herodes, aby sa zbavil Ježiša. Cirkev sa rozhodla dať túto relikviu na analýzu, a tak sme dostali úlohu zistiť, akého pohlavia a akej národnosti toto bábätko je. Vysvetlím vám, ako takáto genetická analýza prebieha a s akými problémami sa stretávame.
V katedrále vo Valencii sa nachádza múmia bábätka, ktorá je pravdepodobne jedným z neviniatok, ktoré pri narodení Ježiša nechal pozabíjať Herodes. Na analýze DNA tejto múmie sa podieľam tiež aj ja. Hovorí sa o tom už aj v španielskej televízii a v novinách, ale ja vám môžem podať informácie z prvej ruky.
Pred pár dňami sme v časopise PLoS ONE publikovali článok, na ktorý som nesmierne hrdá a je veľmi dôležitý pre množstvo ďalšich projektov, ktoré budem v nasledujúcich mesiacoch robiť. Neprinášam v ňom biologicky prevratné výsledky, ale jedno zlepšenie sekvenačného protokolu, ktoré nám umožní sekvenovať ultramaličké množstvo DNA bez umelého namnoženia, ktoré mnohí vedci bez rozmyslu robia, ale úplne zbytočne.
V našom laboratóriu vo Valencii denne skladáme genómy rôznych baktérií či iných organizmov. Pred časom som sa na jednej konferencii zoznámila s kolegami zo Slovenska, čo ma tak potešilo, že sme nadviazali spoluprácu pri sekvenovaní baktérie Lactobacillus plantarum 19L3, ktorá bola izolovaná z mojej milovanej slovenskej bryndze. Tento genóm sme publikovali pred pár dňami v časopise Genome Announcement.
Aj vy už strácate prehľad v čoraz širšej väčšej ponuke mobilných telefónov, tabletov, fotoaparátov...? Človek má pocit, že by mohol striedať najnovšie modely častejšie ako ponožky. Tieto vecičky ale stoja len pár desiatok/stoviek eur, zatiaľ čo taký DNA sekvenátor stojí státisíce. V oblasti sekvenovania DNA nastal nedávno taký boom, že mnohomiliónové investície v genomických centrách môžu ísť behom pár rokov rovno do zberu starého železa. Tento blog bude o tom, ako tieto zmeny ovplyvnili môj výskum.
Konečne nám vyšiel ďalší vedecký článok! Nebolo to vôbec jednoduché, pretože v ňom rozoberáme dosť kontroverznú tému. Píše sa v ňom o tom, ktoré baktérie z ľudského tráviaceho traktu sú v skutočnosti aktívne a ktoré z nich sú rozoznávané ľudským imunitným systémom (obalené imunoglobulínami A).
Laboratórne protokoly nie sú žiadna kuchárska kniha. Ak chceme úspešne urobiť nejaký pokus, musíme zistiť množstvo DNA, s ktorou budeme pracovať. Jej koncentrácia sa dá merať pomocou rôznych metód, ktoré vám v tomto blogu predstavím. Čo ale v prípade, ak je DNA na pokusy málo? Aj na to je riešenie. Môžeme si DNA namnožiť.