Našťastie to tento rok nie je môj prípad, ale je určite veľa ľudí, ktorí zostali cez Vianoce v labáku. Sú určité experimenty, ktoré si vyžadujú neustály dozor. Myšiam, potkanom treba dať každý deň najesť, baktérie či kvasinky treba presadiť, lebo im dôjdu výživné látky v médiu. V niektorých laboratóriách si kolegovia povinnosti pekne rozdelia, takže ten, kto sa obetuje prísť do labáku cez Vianoce, bude mať voľno na Nový rok, a ten druhý zase naopak. Sú ale aj projekty, v ktorých je človek sám, takže ho nemôže v labáku nikto zaskočiť. A pre expriment, ktorý trvá niekoľko týžďnov či mesiacov v kuse, musí taký človek obetovať svoj čas cez sviatky. Inak by sa celý projekt oneskoril o veľa mesiacov.
Potom nám už začína z toho tak trochu preskakovať a zdobíme si vianočný stromček v labáku evolučnými stromami. Tu je obrázok nášho stromčeka ešte z mojej bývalej práce vo Valencii, kde sme vyzdobili stromček obrázkami stromov, ktoré sme práve pripravovali do svojich vedeckých článkov.
V mikrobiológii tvoríme rôzne typy evolučných stromov. Okrem presného určenia bakteriálneho druhu podľa jeho DNA nám slúžia na zistenie toho, kedy a kde sa objavil nejaký nový “outbreak” nejakej nebezpečnej baktérie či vírusu. Vedci, ktorí vyvíjajú programy na vytvorenie evolučných stromov, sú celkom vtipní a dávajú nám v počítači možnosť evolučný strom ozdobiť (decorate the tree) – čo znamená pridať k jednotlivým vetvám popis druhov, rodov, čeľadí, kmeňov… alebo môžeme strom aj zakoreniť (root the tree) – to znamená vybrať vetvu, do ktorej naše vzorky, na ktoré sa pýtame, určite nepatria. Napríklad, viem, že som osekvenovala DNA baktérie, ktorá patrí do kmeňa Firmicutes, ale neviem, ku ktorému druhu z kmeňa Firmicutes patrí. Použijem na to evolučný strom. Môžem do stromu pridať vetvu kmeňa Cyanobacteria, do ktorej moja baktéria určite nepatrí, a tak mi vetva Cyanobacteria poslúži vlastne ako koreň stromu.
Naše evolučné stromy ako stromy vôbec nevyzerajú. Vyzerajú ako taký dlhý zoznam vzoriek pospájaných dlhými čiarami alebo ako taký rozkonárený kruh. Môžete si ich pozrieť na nasledujúcich obrázkoch.
Ešte som našla na internete jeden veľmi zaujímavý strom. Ten je vytvorený na kultivačnej miske z rôznych druhov plesní. Podľa sturff.org je vrchná hviezda je z Talaromyces stipitatus, zelené ihličie je z Aspergillus nidulans, kmeň stromu je z Aspergillus terreus a vianočné ozdoby sú tvorené Penicillium marneffei.
Okrem toho sa dajú v laboratóriu vytvoriť aj ďalšie zaujímavé vianočné dekorácie – napríklad s použitím svietiacich baktérií. Na stránke trendhunter.com som našla tento zaujímavý obrázok. Nepíše sa tam, či ide o baktérie, ktoré svietia prirodzene, napríklad ako Vibrio harvey, alebo či ide o baktérie, do ktorých vložili gén na výrobu green fluorescent protein.
Tak to bol netradičný Silvestrovský blog. Do nového roku vám prajem spokojný mikrobióm... :)
